Scott Bakula a fait ses premières apparitions à la télévision en 1986 dans la série Gung Ho, qui s'arrêta au bout de quelques mois sur ABC. On le vit ensuite en 1988 dans la série Eisenhower & Lutz qui encore une fois ne rencontra pas le succès. C'est en 1989 avec la série Code Quantum que l'acteur connait alors le succès. Cette série qui l'a fait connaitre du grand public durera cinq saisons pour 97 épisodes. Après l'arrête de la série, en 1994, Scott a du mal à rebondir. Il est apparut dans une dizaine d'épisodes de la série Murphy Brown et dans la série Mr. & Mrs. Smith en 1996 qui ne durera que deux mois sur CBS.
En 2001, il revient dans la nouvelle série Star Trek : Enterprise, et renoue avec le succès. Scott Bakula a aussi joué dans une vingtaine de téléfilms.